Tuesday, January 15, 2013

R ve iPython Baglantisi

iPython not defteri icinden direk R kullanmak mumkun. Hatta Pandas DataFrame objesini bile R'ye gecmek mumkun. R baglantisi ipython icindeki sihir (magic) fonksiyonlari ile kullaniliyor, bu fonksiyonlar yuzde % ile basliyorlar ve dis sistem baglantisi, hata ayiklayici ile iletisim gibi "kutu disinda" olan servisleri ipython icine getiriyorlar.

Arka planda R ile baglanti rpy2 ile yapiliyor, bunun icin

sudo apt-get install python-rpy2

iPython'un kendi ek baglanti kodlari da lazim - bu kutuphanenin ismi rmagic, ki kodlari ipython 0.14 (su anki son stabil surum) icinde var. Eger alttaki load_ext calismazsa, 0.14'u alip kurmak lazim.

Kurulduktan sonra, not defteri, ya da pur ipython icinden alttakiler isler.

In [2]:
%load_ext rmagic
%R X=c(1,4,5,7); sd(X); mean(X)
Out [2]:
array([ 4.25])


In [3]:
from pandas import *
parasiteData = read_csv("parasite_data.csv", sep=",", na_values=["", " "])
%R -i parasiteData print(summary(parasiteData))
       V1              V2             V3       
 Min.   : 0.50   Min.   : 1.0   Min.   :0.0000 
 1st Qu.: 0.60   1st Qu.:13.0   1st Qu.:0.0000 
 Median : 0.75   Median :25.5   Median :0.8457 
 Mean   : 0.75   Mean   :25.5   Mean   :0.8364 
 3rd Qu.: 0.90   3rd Qu.:38.0   3rd Qu.:1.5337 
 Max.   : 1.00   Max.   :50.0   Max.   :2.9008 


Kaynak

Kodlar

No comments: